《新安縣志》對研究香港及周邊地區古時候的動植物及生態環境非常重要,例如書中詳列了新安縣地域發現的陸上動物和水上動物。
魚類
清康熙《新安縣志》可以找到超過 50 個魚類名稱,當中包括海水、淡水魚類;清嘉慶《新安縣志》則記 述了至少 29 個魚類名稱,並附有形態、習性、食味等簡單介紹。
黃花魚

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嘉慶《新安縣志》內有「黃花魚」的介紹,指牠「採於大澳海中」。
兩棲及爬行類動物
康熙《新安縣志》記載了黿(即大型的鱉)通常出没於大河、湖泊、河又紅樹林和泥灘。嘉慶《新安縣志 》則記載了蚺蛇,相信為華南地區唯一屬於蟒科的蟒蛇品種。古人會食其肉,用其皮作鼓風器,或以其膽入藥。康熙《新安縣志》亦有田雞(即虎紋蛙)的記載。
蟒蛇

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虎紋蛙 (田雞)

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1930 年代,虎紋蛙在香港野外還是十分普遍,至 1970 年代數量便下降,其中一個原因是被大量捕捉往市場販售。現在香港已再沒有本地虎紋蛙出售。
節肢動物
康熙《新安縣志》曾列出多個昆蟲品種,包括青蜓(即蜻蜓)、螽斯(俗稱蟈蟈)、螟蛉(即雙帶夜蛾)等。嘉慶 《新安縣志》則列出一種蜂類叫「石蜜」,並簡單介紹其形態及習性等。
蜂

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嘉慶《新安縣志》已有養蜂業記載:「石蜜,蜂屬也……今邑人斫竹為籠,蓄以為業,至四月取其釀,曰百花糖 」。
馬蹄蟹
嘉慶《新安縣志》描述鱟 (即馬蹄蟹)的形態特徵、習性、移動方式和繁殖方式等,為馬蹄蟹最早期的研究紀錄。

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龍蝦
康熙《新安縣志》有「銀蝦」、「蝦」「蠏」(多種蟹類)的紀錄。嘉慶《新安縣志》描述了「蠏」、「蝦」的形態特徵、習性、移動方式和味道等。

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軟體動物
章魚
康熙《新安縣志》列出多個軟體動物品種,包括章魚、蠔和沙螺等。嘉慶《新安縣志》亦有大量螺類的記載,並講述牠們的經濟價值。

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棘皮動物
海膽
康熙《新安縣志》及嘉慶《新安縣志》都有海膽的記載,並介紹牠的形態和味道等。

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剌胞動物
水母
嘉慶《新安縣志》列出了香港及附近水域發現有水母,指其又稱蚱或石鏡,於海中生活,經常有蝦跟隨;商人會在夏季將其醃製售賣,產品名為海蜇。

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環節動物
沙蠶
康熙《新安縣志》有水蛭的記載 ,但資料不多。嘉慶 《新安縣志》則列出了沙蠶,並附有簡單物種介紹,包括形態、外貌、生境及食味等。

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哺乳類動物
海牛
嘉慶《新安縣志》中可見的陸上哺乳動物共六種,包括華南虎、獼猴、赤麂、野豬、豪豬、水獺;海洋哺乳動物則有三 種,包括中華白海豚、江豚和海牛。

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除 《新安縣志》外,至今仍末找到有其他文獻,記載香港附近水域曾有海牛的發現。
鳥類
鵪鶉
嘉慶《新安縣志》列出的鳥類品種有鷓鴣、鵪鶉、畫眉、兜兜雀、豁雞及江鷗,是香港地區最早的鳥類紀錄,當中「兜兜雀」更記載為「產邑之大奚山(今大嶼山)中」。

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《新安縣志》的內容多元化,對氣候、風俗、飲食等皆有記載。閱讀《新安縣志》,可對明清時期香港地區的風俗習慣有所了解。目前通行的《新安縣志》版本分別是康熙版 ( 1688年 )及嘉慶版 ( 1819年 )。